Ø 个人简介

伟德betvlctor1946源于英国副教授、硕士生导师，湖北省“楚天学者计划”及校“阳光学者计划”入选者，深圳湾实验室与澳大利亚格里菲斯大学访问学者。现为中国生物信息学学会（筹）生物分子结构预测与模拟专业委员会委员，并担任Journal of STEM等国际期刊青年编委。研究方向聚焦于生物大分子结构计算与功能模拟，致力于发展融合物理建模与人工智能方法的交叉研究体系。通过整合能量函数、图神经网络及深度学习等技术，系统开展核酸三维结构预测、功能性RNA序列设计及结构评估等研究，并推动相关计算模型在肿瘤等复杂疾病发生机制解析中的应用。已在Nucleic Acids Research、PLoS Computational Biology、Biophysical Journal、The Journal of Chemical Physics、RNA、Molecules等国际权威SCI期刊发表论文近30篇；主持国家自然科学基金面上项目及青年项目等多项国家级课题，并承担湖北省科技厅、教育厅等科研项目多项。

办公地点：YG04-101

电子邮箱：yzshi@wtu.edu.cn

Ø 教育经历

2006.09-2010.06     烟台大学光电信息科学与技术学院    大学本科

2010.09-2015.06     武汉大学物理科学与技术学院    博士研究生 （硕博连读）

Ø 工作经历

2015.07-2012.12  武汉大学物理科学与技术学院  研究助理

2015.12-至今    伟德betvlctor1946源于英国，副教授

2022.03-2023.03 深圳湾实验室，访问学者（合作导师：周耀旗研究员）

2024.01-2025.01 澳大利亚Griffith University信息与通信技术学院（ICT），访问学者（合作导师：Prof. Alan Liew）

Ø 研究方向

生物信息学、物理生物学、RNA结构预测与设计、单细胞基因组学数据分析

Ø 代表性成果

        (1) Wang X, Shi YZ*. 3D structure and stability prediction of DNA with multi-way junctions in ionic solutions. PLoS Computational Biology. 2025;21(8):e1013346.
        (2) Sun R, Cao W, Li S, Jiang J, Shi YZ*, Zhang B*. scGRN-Entropy: Inferring cell differentiation trajectories using single-cell data and gene regulation network-based transfer entropy. PLoS Computational Biology. 2024;20(11):e1012638.
        (3) Shi YZ, Wu H, Li SS, Li HZ, Zhang BG, Tan YL. ABC2A: A straightforward and fast method for the accurate backmapping of RNA coarse-grained models to all-atom structures. Molecules. 2024;29:1244.
        (4) Mu ZC, Tan YL, Zhang BG, Liu J, Shi YZ*. Ab initio predictions for 3D structure and stability of single- and double-stranded DNAs in ion solutions. PLoS Computational Biology. 2022;18(10):e1010501.
        (5) Feng CJ, Tan YL, Cheng YX, Shi YZ*, Tan ZJ*. Salt-dependent RNA pseudoknot stability: effect of spatial confinement. Frontiers in Molecular Biosciences. 2021;8:666369.
       (6) Shi YZ, Jin L, Feng CJ, Tan YL, Tan ZJ*. Predicting 3D structure and stability of RNA pseudoknots in monovalent and divalent ion solutions. PLoS Computational Biology. 2018;14:e1006222.
       (7) Jin L, Tan YL, Wu Y, Wang X, Shi YZ*, Tan ZJ*. Structure folding of RNA kissing complexes in salt solutions: predicting 3D structure, stability and folding pathway. RNA. 2019;25(1):74-86.
       (8) Zhang BG, Qiu HH, Jiang J, Liu J, Shi YZ*. 3D structure stability of the HIV-1 TAR RNA in ion solutions: A coarse-grained model study. The Journal of Chemical Physics. 2019;151:165101.
       (9) Shi YZ, Jin L, Wang FH, Zhu XL, Tan ZJ*. Predicting 3D structure, flexibility and stability of RNA hairpins in monovalent and divalent ion solutions. Biophysical Journal. 2015;109(12):2654-2665.
       (10) Shi YZ, Wang FH, Wu YY, Tan ZJ*. A coarse-grained model with implicit salt for RNAs: predicting 3D structure, stability and salt effect. The Journal of Chemical Physics. 2014;141:105102.窗体底端